Η έρευνα για τις καταλήψεις στα πανεπιστήμια ξεκινά με εντολή του προϊσταμένου της εισαγγελίας Πρωτοδικών, Αντώνη Ελευθεριάνου, προς τον εισαγγελέα Νικόλαο Μαργαρίτη. Με αυτή ζητά τη διερεύνηση για τη διάπραξη τυχόν αυτεπαγγέλτως διωκομένων πράξεων, όπως αυτές που αφορούν διατάραξη δημόσιας υπηρεσίας, παράνομη βία, αλλά και παράβαση καθήκοντος.
Εκτός από τους καταληψίες, στο στόχαστρο μπαίνουν ενδεχόμενες ποινικές ευθύνες και των αρμοδίων από τις πρυτανικές αρχές, σε ό,τι αφορά στις ενέργειες που έκαναν ή όχι για την αποτροπή των καταλήψεων.
Επίσης, υπό έρευνα θα τεθούν οι ενέργειες από τις διοικήσεις των υπό κατάληψη πανεπιστημίων, στο πλαίσιο της άσκησης των καθηκόντων τους. Ο εισαγγελέας αναμένεται να ξεκινήσει την έρευνα καλώντας τους πρώτους μάρτυρες, ανάμεσά τους και εκπροσώπους των πρυτανικών αρχών.