Ειδικότερα, του επιβλήθηκε ποινή 8 φορές ισόβια, 50 χρόνια πρόσκαιρη κάθειρξη (εκτιτέα τα 20 έτη) και χρηματική ποινή ύψους 327.000 ευρώ. Πρόκειται για μία από τις μεγαλύτερες ποινές που έχουν αποφασιστεί ποτέ στην Ελλάδα.
Το Μικτό Ορκωτό Δικαστήριο τον έκρινε ένοχο για επτά δολοφονίες, έξι απόπειρες δολοφονίας και σωρεία κακουργημάτων.
Ανάμεσα στις ανθρωποκτονίες ήταν και εκείνες δύο ανήλικων παιδιών, ενώ πλην αυτών καταδικάστηκε και για τις κατηγορίες της κακουργηματικού βαθμού απάτης κατ' εξακολούθηση και κατά συρροή σε βάρος 28 ασθενών και συγγενών και ασθενών. Ο Κοντοστάθης κρίθηκε, επίσης, ένοχος για αντιποίηση αρχής που αφορά στο διάστημα 1.5.2020 έως 16.6.2020, όπως για σειρά άλλων αδικημάτων, μεταξύ των οποίων και κακουργήματα, όπως για πλαστογραφία κατ' εξακολούθηση και διακίνηση ναρκωτικών ουσιών κατ' εξακολούθηση, αλλά και παράνομη οπλοκατοχή και κατοχή μνημείου.
Ο ψευτογιατρός κρίθηκε αθώος για πέντε δολοφονίες και οκτώ απόπειρες ανθρωποκτονίας, ενώ αθώοι κρίθηκαν οι υπόλοιποι 16 κατηγορούμενοι, ανάμεσα στους οποίους και έναν γιατρό, πρώην υπουργό.
Ο εισαγγελέας της έδρας είχε εισηγηθεί να επιβληθεί στον κατηγορούμενο ισόβια κάθειρξη για κάθε περίπτωση ανθρωποκτονίας που κρίθηκε ένοχος και επιπλέον 12 χρόνια για κάθε απόπειρα ανθρωποκτονίας αλλά και ισόβια για τη διακεκριμένη διακίνηση ναρκωτικών κατ' επάγγελμα σε ανηλίκους.
