Έως και το 2014 ήταν παντρεμένος με την Λουντμίλα Πούτινα, από το τέλος της 30αετους συνύπαρξής τους, όμως, η προσωπική του ζωή κρατείται ως επτασφράγιστο μυστικό.
Ο γάμος του με την αεροσυνοδό της ρωσικής εταιρείας Aeroflot Λιουντμίλα χρονολογείται από τις αρχές της δεκαετίας του 1980, όταν το ζευγάρι γνωρίστηκε στην πόλη του Λένινγκραντ, τη σημερινή Αγία Πετρούπολη, σε θεατρική παράσταση μέσω ενός κοινού φίλου, σύμφωνα με το δημοσίευμα του Mirror.
Παντρεύτηκαν το 1983 και απέκτησαν δύο κόρες, τη Mαρία τον Απρίλιο του 1985, και την Γιεκατερίνα τον Αύγουστο του 1986. Παρέμειναν παντρεμένοι μέχρι το 2014, παρά τις συνεχείς φήμες για τη σχέση τους.Η ίδια είχε κάποτε εξομολογηθεί ότι ο ντροπαλός νέος με το φτωχικό ντύσιμο, της τράβηξε το ενδιαφέρον, καθώς έβρισκε πάντα εισιτήρια για τις καλύτερες παραστάσεις, ενώ λέγεται ότι της είχε κρύψει ότι εργαζόταν ως κατάσκοπος της KGB για ένα μεγάλο μέρος του τριετούς φλερτ τους. Η χωρίς ρομαντισμό πρόταση γάμου, ήρθε απλά ένα απόγευμα στο σπίτι τους.
Μετά τη θητεία του στην KGB, επέστρεψαν στην Αγία Πετρούπολη και εκείνος άρχισε να εργάζεται για την κυβέρνηση. Δημοσίευμα του Reuters ανέφερε ότι, παρότι, εκείνη είχε δικές της φιλοδοξίες, ο Πούτιν ήθελε να την κρατήσει μακριά από τα φώτα της δημοσιότητας.
«Πίστευε ότι μία σύζυγος πρέπει να είναι μετριοπαθής και να μην ξεχωρίζει».
Εμφανιζόταν μόνο όταν το απαιτούσε το πρωτόκολλο, δεν έδειχνε άνετη, ενώ σε μία τηλεοπτική της εμφάνιση σχολιάστηκε επειδή δεν φορούσε τη βέρα της.
Στη δική του αυτοβιογραφία, ο Πούτιν παραδέχεται ότι η σύζυγός του «έκλαιγε όλη μέρα» όταν συνειδητοποίησε ότι η «ιδιωτική ζωή της οικογένειας είχε τελειώσει» όταν έγινε πρόεδρος της Ρωσίας το 2000.
Με κοινή τους εμφάνιση στη ρωσική τηλεόραση μετά από μία παράσταση μπαλέτου στo αμφιθέατρο του Κρεμλίνου, ανακοίνωσαν ότι ο γάμος τους τελείωσε. H Λουντμίλα είπε ότι ο χωρισμός ήταν «πολιτισμένος» και ότι θα μείνουν «για πάντα κοντά».
«Ήταν μια απόφαση που πήραμε από κοινού, ελάχιστα βλεπόμασταν μεταξύ μας, ο καθένας έχει τη δική του ζωή» δήλωσε με τη σειρά του ο Ρώσος πρόεδρος.
Ο λόγος του διαζυγίου ήταν ότι «έβλεπαν ελάχιστα ο ένας τον άλλον» λόγω του πυρετώδους προγράμματος εργασίας του προέδρου. Ωστόσο, υπήρξαν και όργια φημών με τη Λουντμίλα να φέρεται να είπε σε πράκτορα των μυστικών υπηρεσιών ότι ο Πούτιν ήταν «κατά συρροή γυναικάς» και την κακοποιούσε.
Η ιδιωτική ζωή του Πούτιν μπήκε ξανά στο στόχαστρο όταν κυκλοφόρησαν φήμες ότι συζεί με την Αλίνα Καμπάεβα, τη Χρυσή Ολυμπιονίκη της ρυθμικής γυμναστικής το 2004 στην Αθήνα και μετέπειτα κυβερνητική βουλευτής, σχεδόν 30 χρόνια νεότερη του.
Κάποιοι Ρώσοι την είδαν ως την αιτία για τη διάλυση του γάμου του και πίστευαν ότι θα είναι η νέα πρώτη κυρία της Ρωσίας.
«Έχω μια ιδιωτική ζωή, στην οποία δεν επιτρέπω παρεμβάσεις. Πρέπει να γίνει σεβαστή» είχε πει κάποτε ο ίδιος.
Οι φήμες οργίασαν όταν ο πολιτικός αντίπαλος Αλεξέι Ναβάλνι ισχυρίστηκε ότι έχει παντρευτεί την πρώην Ολυμπιονίκη σε μυστική τελετή.
Ο Πούτιν λέγεται ότι έχει αποκτήσει τουλάχιστον δύο γιους με τη «μυστική ερωμένη» του ενώ τις τελευταίες ημέρες έχει αναφερθεί ότι ίσως περιμένει ακόμη ένα παιδί με την 38χρονη Καμπάεβα.