Με παραγγελία τους προς την Εισαγγελία Πρωτοδικών οι Οικονομικοί Εισαγγελείς ζητούν την άσκηση ποινικής δίωξης σε βάρος συνολικά 13 προσώπων που εμπλέκονται στη μεγάλη υπόθεση διασπάθισης δημόσιου χρήματος, εκ των οποίων οι εννέα ήταν κατά την επίμαχη περίοδο μέλη Διοικήσεων του ΚΕΕΛΠΝΟ.
Η δικογραφία που αποστέλλεται στην Εισαγγελία Πρωτοδικών, περιλαμβάνει πέντε περιπτώσεις επιχορηγήσεων, οικονομικών ενισχύσεων και συναλλαγών με εταιρείες αλλά και την επίμαχη Μητρόπολη, της οποίας ο επικεφαλής, εν ενεργεία Μητροπολίτης, είχε διατελέσει επί σειρά ετών μέλος του Κέντρου Ελέγχου και Πρόληψης Νοσημάτων ως εκπρόσωπος της Εκκλησίας της Ελλάδος. Μάλιστα ο εν λόγω Μητροπολίτης φαίνεται να έχει εμπλοκή σε δύο από τις πέντε υπό διερεύνηση υποθέσεις για τις οποίες ζητείται η άσκηση κακουργηματικής ποινικής δίωξης.
Η έρευνα για την υπόθεση διενεργείται επί σειρά ετών, από τρεις Εισαγγελείς, οι οποίοι χρειάστηκε σε πολλές περιπτώσεις να κάνουν ενέργειες για ανάκτηση εγγράφων που ήταν εξαφανισμένα από τα αρχεία του ΚΕΕΛΠΝΟ. Είναι χαρακτηριστικό πως το αποδεικτικό υλικό που συνέλεξαν οι τρεις εισαγγελείς, καταλαμβάνει ένα ολόκληρο δωμάτιο, υλικό που για να μεταφερθεί στην Εισαγγελία Πρωτοδικών θα ζητηθεί η συνδρομή του Υπουργείου Οικονομικών.
Η δικογραφία που αποστέλλεται στην Εισαγγελία Πρωτοδικών αποτελεί ένα μέρος της υπό διερεύνηση υπόθεσης που τέθηκε στο μικροσκόπιο των εισαγγελικών αρχών το 2012, μετά από παραγγελία του τότε Οικονομικού Εισαγγελέα Γρηγόρη Πεπόνη.
Οι εισαγγελείς στην πρώτη υπόθεση, καταλογίζουν στα υπό διερεύνηση στελέχη του ΚΕΕΛΠΝΟ ότι σε διάστημα 26 μηνών, κατά την επίμαχη περίοδο, κατέβαλαν στην εμπλεκόμενη Μητρόπολη ποσό που φθάνει τις 749.000 ευρώ. Η συγκεκριμένη εκκλησιαστική δομή, έλαβε 18 επιχορηγήσεις, για θέματα υγείας και πρόληψης λοιμωδών νοσημάτων, για άπορους και μετανάστες, για υγειονομικό υλικό στην Λωρίδα της Γάζας, για κατασκηνώσεις παιδιών μεταναστών και προσφύγων στην Τήνο κ.ά. Σύμφωνα με το πόρισμα των Οικονομικών εισαγγελέων, οι επιχορηγήσεις δεν αξιοποιήθηκαν από την Μητρόπολη για αυτούς τους σκοπούς αλλά διατέθηκαν σε «αόριστες δαπάνες φιλανθρωπίας».
Σε άλλη από τις πέντε υποθέσεις, το Κέντρο, το 2009, με σύμβαση που υπέγραψε, κατέβαλε ποσό σχεδόν 200.000 ευρώ σε εκτυπωτική εταιρεία για την εκτύπωση 1,5 εκατομμυρίων ενημερωτικών φυλλαδίων για τη Νέα Γρίπη (γρίπη των χοίρων) και τη διανομή τους σε γήπεδα της Super League. Ωστόσο, σύμφωνα με το εισαγγελικό πόρισμα, πρόκειται για εικονική εκτύπωση καθώς τα φυλλάδια που διατέθηκαν σε φιλάθλους σε γήπεδα ήταν 126.000 με τα υπόλοιπα ούτε να έχουν διατεθεί σε άλλα σημεία αλλά ούτε και να είχαν αποθηκευθεί κάπου.
Η τρίτη υπόθεση αφορά καταβολή ποσού 232.050 ευρώ από το Κέντρο σε ιστοσελίδα Υγείας στις 23 Σεπτεμβρίου 2009, χωρίς την κατάρτιση σύμβασης που να αιτιολογεί την πληρωμή. Οι εισαγγελείς αναφέρουν πως η εταιρεία που εμφανίζεται διαχειρίστρια της ιστοσελίδας, που δημιουργήθηκε τον Φεβρουάριο του 2009, δεν απασχόλησε προσωπικό και εισήλθε σε καθεστώς εκκαθάρισης τον Οκτώβριο του 2009. Μοναδικό της τιμολόγιο ήταν αυτό με το ΚΕΕΛΠΝΟ για την δημιουργία «Κέντρου ηλεκτρονικής πληροφόρησης για τη γρίπη» το οποίο δεν προέκυψε τελικώς ότι δημιουργήθηκε.
Για την τέταρτη περίπτωση το εισαγγελικό πόρισμα αναφέρει ότι αφορούσε ποσό 180.240 ευρώ, για την έκδοση εξαμηνιαίου επιστημονικού περιοδικού η οποία αποφασίστηκε από το Δ.Σ. του ΚΕΕΛΠΝΟ στις 3/7/2008. Σύμφωνα με την εισαγγελική έρευνα το περιοδικό εκδόθηκε μία και μοναδική έκδοση και καταβλήθηκαν μεγάλα ποσά σε 6 δημοσιογράφους εκ των οποίων μόνο ένας να φαίνεται ότι εργάστηκε.
Η τελευταία υπόθεση που περιλαμβάνεται στη δικογραφία, αφορά ποσό των 750.000 ευρώ που δόθηκαν προκαταβολικά από το ΚΕΕΛΠΝΟ σε εταιρεία επικοινωνίας για την διοργάνωση εκδήλωσης, το συνολικό κόστος της οποίας ωστόσο ανήλθε σε 253.519 ευρώ, όπως προέκυψε από έλεγχο του ΣΔΟΕ. Οι εισαγγελείς σημειώνουν πως για το υπόλοιπο ποσό, που φθάνει το μισό εκατομμύριο, δεν έλαβαν επαρκείς εξηγήσεις.
Η Οικονομική Εισαγγελία έχει δώσει εντολή για την διενέργεια φορολογικού ελέγχου σε τουλάχιστον 20 εταιρείες που κατά την επίμαχη περίοδο είχαν συνεργασία με το ΚΕΕΛΠΝΟ ενώ σε έλεγχο τίθεται και τα οικονομικά της εμπλεκόμενης Μητρόπολης.
Παράλληλα συνεχίζει την έρευνα όσον αφορά ποσό περίπου 185.000 ευρώ που δόθηκε από το Κέντρο σε δημοσιογράφο για υπηρεσίες δημοσιογραφικές και προβολής των δράσεων Κέντρου μέσω συνεργασίας με εταιρείες παροχής ραδιοτηλεοπτικών υπηρεσιών, εφημερίδες, περιοδικά και ιστοσελίδες.
Τέλος, θέτει στο αρχείο τη δικογραφία που αφορούσε προσλήψεις στο ΚΕΕΛΠΝΟ το 2009, την υπόθεση των συμβάσεων του Κέντρου με την Εθνική Σχολή Δημόσιας Υγείας, τη χορήγηση δανείων για την αντιμετώπιση της γρίπης, οικονομικές ενισχύσεις και χορηγίες σε άλλους φορείς και καταβολές ποσών για έρευνες, καθώς δεν προέκυψαν ενδείξεις διάπραξης αδικημάτων.