Σύμφωνα με πληροφορίες, ο Άρειος Πάγος απέρριψε την αίτηση αναίρεσης του πρώην υπουργού κατά του σχετικού βουλεύματος, παραπέμποντας τον έτσι οριστικά σε δίκη. Ο Χρ. Μαρκογιαννάκης κατηγορείται για πλημμεληματική ηθική αυτουργία σε παράβαση καθήκοντος, καθώς φέρεται να είχε παρέμβει στη διοίκηση της Γαλακτοκομικής Σχολής Ιωαννίνων, ώστε να αποφύγουν την βαριά τιμωρία Κρητικοί φοιτητές, οι οποίοι επίσης φέρονται να εμπλέκονται στην υπόθεση Γιακουμάκη.
Η δίωξη κατά του Χρήστου Μαρκογιαννάκη είχε αρχικώς ασκηθεί από τον εισαγγελέα Πλημμελειοδικών Ιωαννίνων, ενώ την παραπομπή του είχε αποφασίσει τον περασμένο Μάρτιο το Συμβούλιο Εφετών Ιωαννίνων.
Αξίζει να σημειωθεί ότι ο ίδιος έχει υποστηρίξει πως η σε βάρος του ποινική δίωξη ήταν «μια απίστευτα προκλητική και βάναυση κακοποίηση του αποδεικτικού υλικού της σχετικής δικογραφίας, που ακόμη και ο χαρακτηρισμός της ως ‘’κατάχρησης εξουσίας’’ είναι επιεικής».
